L'émetteur de factures électroniques peut demander l'annulation de la facture électronique jusqu'à 48 heures après la date et l'heure d'approbation du DTE par le SIFEN. Il est possible d’annuler les autres documents jusqu'à 168 heures (7 jours) après la date et l'heure d'approbation du DTE. En conséquence, le DTE sera enregistré avec le statut "annulé" dans le SIFEN. Les DTE annulées par l'émetteur n'auront aucune validité juridique ou fiscale pour justifier un débit/crédit d'impôt, ou bien encore des revenus, charges et dépenses.
Afin d’annuler une Facture Électronique approuvée, à laquelle est associée une Note de Crédit Électronique ou bien une Note de Débit Électronique, il faut préalablement annuler le DTE associé. Une fois le DTE initial annulé, cette situation sera définitive et ne pourra plus être modifiée. Dans ce cas de figure, le DTE annulé doit impérativement présenter des garanties d'intégrité et d'inaltérabilité. Il ne pourra pas être réutilisé et devra être archivé pendant le délai de prescription prévu par la Loi Fiscale.